In der Regel wird mindestens ein internes HACCP-Audit pro Jahr durchgeführt. Bei einer HACCP-Zertifizierung erfolgt ein Initialaudit zur Erstbewertung. Während der Zertifikatslaufzeit finden üblicherweise jährliche Überwachungsaudits statt. Am Ende des Zertifizierungszyklus wird ein Rezertifizierungsaudit durchgeführt. Zusätzliche Audits können bei wesentlichen Änderungen erforderlich sein.