Ein HACCP-System muss mindestens einmal jährlich überprüft und bei Bedarf aktualisiert werden. Zusätzlich ist eine Aktualisierung erforderlich, sobald sich Prozesse, Produkte, Rohstoffe, Produktionsbedingungen oder gesetzliche Anforderungen ändern. Auch nach festgestellten Abweichungen oder Vorfällen ist eine Überprüfung des Systems notwendig. Im Rahmen von Zertifizierungen wird beurteilt, ob das HACCP-System aktuell und wirksam ist. Die regelmäßige Aktualisierung ist eine grundlegende Voraussetzung für die Aufrechterhaltung der Konformität.