HACCP befasst sich mit biologischen, chemischen und physikalischen Gefahren entlang der Lebensmittelkette. Biologische Gefahren umfassen unter anderem Mikroorganismen, die die Lebensmittelsicherheit beeinträchtigen können. Chemische Gefahren beziehen sich auf Rückstände oder Kontaminanten, die unbeabsichtigt in Lebensmittel gelangen. Physikalische Gefahren entstehen durch Fremdkörper wie Glas oder Metall. Diese Gefahrenarten werden im Rahmen des HACCP-Systems systematisch identifiziert und bewertet, was Grundlage für eine Zertifizierung ist.