ISO 14001 belgelendirme denetimi, çevre yönetim sistemi gerekliliklerine dayalı, planlı ve tarafsız bir süreçtir. Öncelikle denetim kapsamı, uygulanacak ISO 14001 standardı ve denetime dahil olan faaliyetler belirlenir. Ardından bağımsız denetçiler, kuruluşun çevre boyutlarını, yasal uygunluğunu ve çevre yönetim sisteminin etkinliğini yerinde veya uzaktan değerlendirir. Bu aşamada ilgili personelle görüşmeler yapılır, süreçlerin uygulanışı gözlemlenir ve kayıtlar kanıt olarak incelenir. Denetim sırasında tespit edilen uygunsuzluklar ve gözlemler açık, nesnel ve izlenebilir şekilde raporlanır. Hazırlanan denetim raporu esas alınarak, akreditasyon kurallarına uygun şekilde belgelendirme kararı verilir.