HACCP, gıda güvenliğiyle ilgili biyolojik, kimyasal ve fiziksel tehlikeleri ele alır. Biyolojik tehlikeler, gıdalarda bulunabilecek mikroorganizmalarla ilişkilidir. Kimyasal tehlikeler, gıdaya istemeden bulaşabilen kalıntı ve maddeleri kapsar. Fiziksel tehlikeler ise cam, metal veya benzeri yabancı maddelerden kaynaklanır. Bu tehlikeler HACCP sistemi kapsamında tanımlanır ve belgelendirme değerlendirmesine esas oluşturur.