EMAS ile ISO 14001 arasındaki fark; kapsam, yasal yapı ve ek gereklilikler açısından ortaya çıkar. ISO 14001, çevre yönetim sistemleri için uluslararası geçerliliğe sahip bir standarttır ve belgelendirme kuruluşları tarafından belgelendirilir. EMAS ise Avrupa Birliği tarafından düzenlenen bir çevre yönetim ve denetim sistemidir. EMAS kapsamında doğrulanmış bir çevre beyanının hazırlanması ve kamuya açık şekilde yayımlanması zorunludur. Ayrıca EMAS, resmi bir kayıt sürecini de içeren daha kapsamlı bir yapıya sahiptir.